Jika Pelabuhan Merak berfungsi untuk ekspor - impor ukuran sedang selain untuk penyebrangan antar Pulau Sumatera - Pulau Jawa agak berbeda dengan Pelabuhan ini selain pelabuhan ini ada pelabuhan kedua di Pulau Sumatera bagian Lampung yakni Pelabuhan Panjang yang terdapat juga Pembangkit Listrik Tenaga Uap (PLTU) & dermaga khusus Semen pada Pelabuhan Panjang tersebut
Kegiatan Pelabuhan Bakauheni
Ratusan trip feri penyeberangan dengan 24 buah kapal feri dari beberapa operator berlayar mengarungi Selat Sunda yang menghubungkan Bakauheni dengan Merak di Provinsi Banten, Pulau Jawa. Feri-feri penyeberangan ini terutama melayani jasa penyeberangan angkutan darat seperti bus antarkota, truk barang maupun kendaraan pribadi seperti mobil dan sepeda motor.
Rata-rata durasi perjalanan yang diperlukan antara Bakauheni-Merak atau sebaliknya dengan feri ini adalah sekitar 2 jam.
Para pengguna tranportasi umum juga dapat menggunakan kapal kecil untuk mempercepat perjalanan. Waktu tempuh dengan kapal ini sekitar 1 jam. Namun, biaya yang dikeluarkan lebih mahal dan kapal hanya tersedia dari pagi hingga sore hari ketika ombak tidak besar.
Aimere · Bakalang · Bangsal · Baranusa · Benete ·Bolok · Borong ·Deri · Ende ·Gili Mas ·Gilimanuk · Hansisi · Kalabahi · Kayangan · Kewapante · Labuan Bajo ·Lembar · Lembata · Lewoleba · Lohayong · Marapokot · Maumere · Naikliu · Ndao · Padangbai · Palue · Pantai Baru · Pomana Besar · Pototano · Pulau Rinca · Raijua · Sampalan · Sanur · Sape · Seba · Teluk Gurita · Waibalun · Waikelo · Waingapu
Kalimantan
Ancam ·Bahaur ·Bardan · Batulicin · Bintang Harapan Desa · Ceremai ·Juata Laut ·Kariangau · Ketapang · Kuala Tebas ·Kumai · Liang Bunyu · Lim Hie Djung · Parit Sarim · Penajam · Pinang Luar ·Rasau Jaya · Sampit · Sebawang · Sebuku ·Sei Jepun · Sei Menggaris · Sei Pancang · Sekura · Siantan · Sintete · Stagen · Sungai Mayam · Sungai Nipah · Sungai Sumpit · Tanjung Harapan · Tanjung Mangkuk · Tanjung Serdang · Tarjun · Tebas Seberang · Teluk Batang · Teluk Gosong · Teluk Kalong · Teluk Pakedai