Pada tanggal 7 Juni 1993 Presiden Republik Indonesia saat itu, Soeharto, lewat Keputusan Presiden No. 50 Tahun 1993, membentuk Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM) dan pada saat yang sama menunjuk pensiunan Ketua Mahkamah Agung RI, Ali Said, untuk menyusun Komisi tersebut dan memilih para anggotanya. Keputusan Presiden ini merupakan tindak lanjut dari rekomendasi Lokakarya tentang Hak Asasi Manusia yang diprakarsai Departemen Luar Negeri RI dan PBB yang diadakan di Jakarta pada 22 Januari 1991. Dan selanjutnya pada tanggal 7 Desember 1993, diperoleh 25 nama yang merupakan figur nasional dan ditunjuk sebagai anggota Komnas HAM.

Struktur Komisi Nasional Hak Asasi Manusia pada periode 1993–1998 terdiri dari pimpinan (ketua, wakil ketua, sekretaris jenderal) dan subkomisi (ketua, wakil ketua, sekretaris, dan anggota). Subkomisi dibagi menjadi 3 bagian yakni Subkomisi Pendidikan dan Penyuluhan Masyarakat, Subkomisi Pengkajian Instrumen HAM, serta Subkomisi Pengkajian Instrumen HAM. Berdasarkan Keppres No. 455/M Tahun 1993, ke–25 nama tersebut adalah:^[1]

• Ketua:
  • Ali Said (1993–1996)
  • Marzuki Darusman (1996–1998)
• Wakil Ketua:
  • Wakil Ketua I: Miriam Budiardjo
  • Wakil Ketua II: Marzuki Darusman (1993–1996)
• Sekretaris Jenderal: Baharuddin Lopa

Struktur Komisi Nasional Hak Asasi Manusia pada periode 1998–2002 hampir sama dengan periode 1993–1998 terdiri dari pimpinan (ketua, wakil ketua, sekretaris jenderal) dan subkomisi (ketua, wakil ketua, sekretaris, dan anggota). Tiga bagian subkomisi juga seperti di periode 1993–1998. Perbedaannya terletak di bagian Dewan Penasihat, yang ditambahkan pada periode ini. Berikut rinciannya:

• Ketua: Djoko Soegianto^[2]
• Wakil Ketua:
  • Wakil Ketua I: Saparinah Sadli
  • Wakil Ketua II: Bambang W. Soeharto
• Sekretaris Jenderal: Asmara Nababan

No.	Foto	Nama[3]	Jabatan
1		Abdul Hakim Garuda Nusantara	Ketua
2		Zumrotin K. Susilo	Wakil Ketua
3		Gembong Priyono	Sekretaris Jenderal

No.	Foto	Nama	Jabatan
4		Amidhan	Komisioner untuk Hak Pekerja dan Jaminan Sosial serta Hak Atas Pekerjaan
5		Anshari Thayib	Komisioner untuk Hak atas Kesehatan dan Lingkungan Hidup
6		M. Habib Chirzin	Komisioner untuk Hak atas Pendidikan dan IPTEK
7		Saafroedin Bahar	Komisioner untuk Hak Masyarakat Hukum Adat
8		Yuwaldi[a]	Komisioner untuk Hak atas Kepemilikan
		Achmad Ali

No.	Foto	Nama	Jabatan
9		Soelistyowati Sugondo	Komisioner untuk Hak Memperoleh Keadilan
10		M. Said Nizar	Komisioner untuk Hak Kewarganegaraan
11		Samsudin	Komisioner untuk Hak Hidup
12		Enny Soeprapto	Komisioner untuk Hak atas Rasa Aman
13		Chandra Setiawan	Komisioner untuk Hak atas Kebebasan Pribadi
14		Hasto Atmodjo Surojo	Komisioner untuk Hak Pengembangan Pribadi
15		M.M. Billah	Komisioner untuk Hak atas Keyakinan Politik

No.	Foto	Nama	Jabatan
16		Ruswiati Suryasaputra	Komisioner untuk Hak Perempuan
17		M. Farid	Komisioner untuk Hak Anak
18		Djoko Soegianto	Komisioner untuk Hak Penyandang Cacat
19		Koesparmono Irsan	Komisioner untuk Hak IDP, Fakir Miskin
20		Hasballah M. Saad	Komisioner untuk Hak Buruh, Buruh Migran, Petani, Nelayan
21		Taheri Noor	Komisioner untuk Hak Kelompok Minoritas, Masyarakat Adat

Pada rentang tahun 2007–2012, kepengurusan Komnas HAM dibagi 2 periode yakni 2007–2010 dan 2010–2012 dengan masing-masing durasi 2,5 tahun. Anggota Komnas HAM diperiode ini lebih sedikit dibandingkan periode sebelumnya.^[4][5] Terdapat 4 subkomisi di periode ini, yakni Sub Komisi Pengkajian dan Penelitian, Sub Komisi Pendidikan dan Penyuluhan, Sub Komisi Pemantauan, dan Sub Komisi Mediasi. Berikut rinciannya.

Jabatan	Foto	Nama
Ketua		Ifdhal Kasim
Wakil Ketua Bidang Internal		Yosep Adiprasetyo
Wakil Ketua Bidang Eksternal		Nur Kholis

Jabatan	Foto	Nama
Komisoner Sub Komisi Pengkajian dan Penelitian		Ahmad Baso
		Abdul Munir Mulkhan
Komisoner Sub Komisi Pendidikan dan Penyuluhan		Hesti Armiwulan
		Saharuddin Daming
Komisoner Sub Komisi Pemantauan		Kabul Supriadi
		Jhony Nelson Simanjuntak
Komisoner Sub Komisi Mediasi		Syafrudin Gulma Simelue
		M. Ridha Saleh

Pimpinan

Subkomisi

Per Maret 2016^[7]

No.	Potret	Nama[11]	Jabatan
1		Atnike Nova Sigiro	Ketua
2		Abdul Haris Semendawai	Wakil Ketua Bidang Eksternal
3		Pramono Ubaid Tanthowi	Wakil Ketua Bidang Internal
4		Uli Parulian Sihombing	Koordinator Subkomisi Penegakan HAM Komisioner Pemantauan dan Penyelidikan Komisioner Pengawasan
5		Prabianto Mukti Wibowo	Komisioner Mediasi
6		Hari Kurniawan[b]	Komisioner Pengaduan
7		Anis Hidayah	Koordinator Sub Komisi Komisioner Pemajuan HAM
8		Putu Elvina	Komisioner Pendidikan dan Penyuluhan
9		Saurlin Pandapotan Siagian	Komisioner Pengkajian dan Penelitian

No.	Potret	Nama[13]	Jabatan
1		Anis Hidayah	Ketua
2		Prabianto Mukti Wibowo	Wakil Ketua Bidang Internal
3		Putu Elvina	Wakil Ketua Bidang Eksternal
4		Saurlin Pandapotan Siagian	Komisioner Pemantauan
5		Abdul Haris Semendawai	Komisioner Pendidikan dan Penyuluhan
6		Uli Parulian Sihombing	Komisioner Pengkajian dan Penelitian
7		Atnike Nova Sigiro	Koordinator Subkomisi Pemajuan HAM
8		Pramono Ubaid Tanthowi	Koordinator Subkomisi Penegakan HAM Komisioner Mediasi