Babak gugur Liga Champions UEFA 2013–2014 dimulai pada 18 Februari 2014 hingga diakhiri dengan pertandingan final pada 24 Mei 2014 di Estádio da Luz, Lisbon, Portugal. Sebanyak 16 tim bertanding di babak gugur.^[1]

Waktunya adalah CET/CEST,^{[N 1]} sesuai daftar UEFA (waktu setempat adalah dalam kurung).

Seluruh proses pengundian untuk babak gugur dilaksanakan di markas UEFA di Nyon, Swiss.^[2]

Babak	Tanggal dan waktu undian	Leg 1	Leg 2
Babak 16 besar	13 Desember 2013, 12.00[3]	18–19 & 25–26 Februari 2014	11–12 & 18–19 Maret 2014
Perempat final	21 Maret 2014, 12.00[4]	1–2 April 2014	8–9 April 2014
Semifinal	11 April 2014, 12.00[5]	22–23 April 2014	29–30 April 2014
Final		24 Mei 2014 di Estádio da Luz, Lisbon

Babak gugur diikuti oleh enam belas klub yang lolos dari babak grup.^[1]

Selain pertadingan final, setiap babak memainkan sepasang pertandingan kandang-tandang. Hasil dari kedua pertandingan akan dijumlah kan untuk menentukan hasilnya. Jika terjadi hasil imbang, maka pemenang ditentukan dengan peraturan gol tandang, yakni klub yang mampu mencetak gol lebih banyak saat bermain di kandang lawan menjadi pemenangnya. Jika masih imbang, maka pertandingan kedua dilanjutkan dengan perpanjangan waktu, dalam dua babak masing-masing 15 menit. Jika kedua klub mencetak gol pada masa perpanjangan waktu sehingga hasilnya imbang, maka klub tandanglah yang menjadi pemenang. Jika tidak terjadi gol maka pemenang ditentukan dengan adu penalti.

Pada pertandingan final hanya akan melakukan satu pertandingan di tempat yang telah ditentukan sebelumnya, untuk final kali ini akan diselenggarakan di Stadion Wembley di London, Inggris. Jika skor imbang maka dilanjutkan dengan perpanjangan waktu, dan adu penalti jika masih imbang.

Pengundian babak gugur dilakukan dengan mekanisme berikut:

• Untuk pengundian babak 16 besar, delapan juara grup menjadi unggulan sedangkan runner up grup maenjadi non-unggulan. Setiap klub unggulan akan bertanding melawan non-unggulan, dengan tim unggulan akan menjalani pertandingan kandang pada pertandingan kedua. Klub-klub dari grup yang sama atau asosiasi negara yang sama tidak akan dipertemukan.
• Untuk pengundian babak perempat final dan seterusnya, tidak diberlakukan status unggulan dan non-unggulan dan klub-klub dari grup yang sama atau asosiasi negara yang sama dapat dipertemukan.

Grup	Juara grup (Unggulan pada babak 16 besar)	Peringkat kedua (Non-unggulan pada babak 16 besar)
A	Manchester United	Bayer Leverkusen
B	Real Madrid	Galatasaray
C	Paris Saint-Germain	Olympiacos
D	Bayern Munich	Manchester City
E	Chelsea	Schalke 04
F	Borussia Dortmund	Arsenal
G	Atlético Madrid	Zenit Saint Petersburg
H	Barcelona	Milan

	Babak 16 besar						Perempat final						Semifinal						Final
	Schalke 04	1	1	2
	Real Madrid	6	3	9
							Real Madrid	3	0	3
							Borussia Dortmund	0	2	2
	Zenit Saint Petersburg	2	2	4
	Borussia Dortmund	4	1	5
													Real Madrid	1	4	5
													Bayern Munich	0	0	0
	Olympiacos	2	0	2
	Manchester United	0	3	3
							Manchester United	1	1	2
							Bayern Munich	1	3	4
	Arsenal	0	1	1
	Bayern Munich	2	1	3
																			Real Madrid (p.w.)	4
																			Atlético Madrid	1
	Manchester City	0	1	1
	Barcelona	2	2	4
							Barcelona	1	0	1
							Atlético Madrid	1	1	2
	Milan	0	1	1
	Atlético Madrid	1	4	5
													Atlético Madrid	0	3	3
													Chelsea	0	1	1
	Bayer Leverkusen	0	1	1
	Paris Saint-Germain	4	2	6
							Paris Saint-Germain	3	0	3
							Chelsea (a)	1	2	3
	Galatasaray	1	0	1
	Chelsea	1	2	3

Pengundian babak 16 besar dilakukan pada 13 Desember 2013.^[6] Leg pertama dimainkan pada 18, 19, 25 dan 26 Februari, dan leg kedua akan dimainkan pada 11, 12, 18 dan 19 Maret 2014.^[7]

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Manchester City	1–4	Barcelona	0–2	1–2
Olympiacos	2–3	Manchester United	2–0	0–3
Milan	1–5	Atlético Madrid	0–1	1–4
Bayer Leverkusen	1–6	Paris Saint-Germain	0–4	1–2
Galatasaray	1–3	Chelsea	1–1	0–2
Schalke 04	2–9	Real Madrid	1–6	1–3
Zenit Saint Petersburg	4–5	Borussia Dortmund	2–4	2–1
Arsenal	1–3	Bayern Munich	0–2	1–1

Barcelona menang agregat 4–1.

---

Manchester United menang agregat 3–2.

---

Atlético Madrid menang agregat 5–1.

---

Paris Saint-Germain menang agregat 6–1.

---

Chelsea menang agregat 3–1.

---

Real Madrid menang agregat 9–2.

---

Borussia Dortmund menang agregat 5–4.

---

Bayern Munich menang agregat 3–1.

Pengundian akan dilakukan pada 21 Maret 2014.^[24] Leg pertama dimainkan pada 1 dan 2 April, dan leg kedua akan dimainkan pada 8 dan 9 April 2014.^[25]

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Barcelona	1–2	Atlético Madrid	1–1	0–1
Real Madrid	3–2	Borussia Dortmund	3–0	0–2
Paris Saint-Germain	3–3 (a)	Chelsea	3–1	0–2
Manchester United	2–4	Bayern Munich	1–1	1–3

Atlético Madrid menang agregat 2–1.

---

Real Madrid menang agregat 3–2.

---

Agregat 3–3; Chelsea menang gol tandang.

---

Bayern Munich menang agregat 4–2.

Pengundian semifinal akan dilakukan pada 11 April 2014.^[34] Leg pertama akan dimainkan pada 22 dan 23 April, dan leg kedua akan dimainkan pada 29 dan 30 April 2014.^[35]

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Real Madrid	5–0	Bayern Munich	1–0	4–0
Atlético Madrid	3–1	Chelsea	0–0	3–1

Real Madrid menang agregat 5–0.

---

Atlético Madrid menang agregat 3–1.

Final dilaksanakan pada tanggal 24 Mei 2014 di Estádio da Luz, Lisbon, Portugal.

• Liga Champions UEFA 2013–2014