Babak grup Liga Champions UEFA 2008–2009 berlangsung antara 16 September dan 10 Desember 2008.

Penempatan unggulan ditentukan oleh Koefisien UEFA:^[1] Pot 1 berisi tim peringkat 1–10 (karena Milan dan Sevilla tidak lolos), Pot 2 berisi tim peringkat 11–23, Pot 3 berisi tim peringkat 25–45, sedangkan Pot 4 berisi tim peringkat 46–193 dan tim tanpa peringkat.

Klub dari asosiasi yang sama dipasangkan untuk membagi hari pertandingan antara Selasa dan Rabu. Klub dengan huruf pasangan yang sama dimainkan pada hari yang berbeda, memastikan bahwa tim dari kota yang sama (misalnya Milan dan Inter Milan, yang juga berbagi stadion) tidak bermain pada hari yang sama.^[2]

Pemenang grup dan runner-up melaju ke babak 16 Besar

Tim peringkat ketiga memasuki Piala UEFA di babak 32 besar

Pot 1 Tim Koef. Manchester UnitedTH 107.996 Chelsea 124.996 Liverpool 118.996 Barcelona 117.837 Arsenal 110.996 Lyon 99.380 Inter Milan 96.934 Real Madrid 93.837

Pot 2 Tim Koef. Bayern Munich 92.078 PSV Eindhoven 91.610 Villarreal 90.837 Roma 81.934 Porto 81.176 Werder Bremen 74.078 Sporting CP 70.271 Juventus 66.934

Pot 3 Tim Koef. Marseille 63.380 Zenit Saint Petersburg 60.437 Steaua București 59.398 Panathinaikos 52.525 Bordeaux 52.380 Celtic 52.013 Basel 51.993 Fenerbahçe 51.469

Pot 4 Tim Koef. Shakhtar Donetsk 49.932 Fiorentina 40.934 Atlético Madrid 36.837 Dynamo Kyiv 34.932 CFR Cluj 13.398 Aalborg BK 12.748 Anorthosis Famagusta 4.327 BATE Borisov 1.760

Dari 16 tim di Pot 1 dan 2, 14 tim lolos ke babak 16 besar. Pengecualiannya adalah Werder Bremen (ke Piala UEFA) dan PSV (tersingkir). Tempat mereka jatuh ke Panathinaikos (dari Pot 3) dan Atlético Madrid (dari Pot 4). Aalborg BK adalah tim Pot 4 dengan peringkat terendah yang lolos ke babak 32 besar Piala UEFA.

Berdasarkan paragraf 6.05 dalam peraturan UEFA untuk musim saat ini, jika dua tim atau lebih memiliki poin yang sama pada penyelesaian pertandingan grup, kriteria berikut diterapkan untuk menentukan peringkat:

1. Jumlah poin yang diperoleh dalam pertandingan grup yang dimainkan di antara tim-tim yang bersangkutan;
2. Selisih gol dari pertandingan grup yang dimainkan di antara tim-tim yang bersangkutan;
3. Jumlah gol di laga tandang dalam pertandingan grup yang dimainkan di antara tim-tim yang bersangkutan;
4. Selisih gol dari semua pertandingan grup yang dimainkan;
5. Jumlah gol di semua pertandingan grup yang dimainkan;
6. Jumlah poin koefisien yang dikumpulkan oleh klub yang bersangkutan, serta asosiasinya, selama lima musim sebelumnya.

Waktunya adalah CET/CEST,^{[N 1]} seperti yang tercantum oleh UEFA (waktu setempat ada dalam tanda kurung).

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		ROM	CHE	BOR	CFR
1	Roma	6	4	0	2	12	6	+6	12	Maju ke babak gugur		—	3–1	2–0	1–2
2	Chelsea	6	3	2	1	9	5	+4	11			1–0	—	4–0	2–1
3	Bordeaux	6	2	1	3	5	11	−6	7	Transfer ke Piala UEFA		1–3	1–1	—	1–0
4	CFR Cluj	6	1	1	4	5	9	−4	4			1–3	0–0	1–2	—

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		PAN	INT	BRM	ANO
1	Panathinaikos	6	3	1	2	8	7	+1	10	Maju ke babak gugur		—	0–2	2–2	1–0
2	Inter Milan	6	2	2	2	8	7	+1	8			0–1	—	1–1	1–0
3	Werder Bremen	6	1	4	1	7	9	−2	7	Transfer ke Piala UEFA		0–3	2–1	—	0–0
4	Anorthosis Famagusta	6	1	3	2	8	8	0	6			3–1	3–3	2–2	—

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		BAR	SCP	SHA	BAS
1	Barcelona	6	4	1	1	18	8	+10	13	Maju ke babak gugur		—	3–1	2–3	1–1
2	Sporting CP	6	4	0	2	8	8	0	12			2–5	—	1–0	2–0
3	Shakhtar Donetsk	6	3	0	3	11	7	+4	9	Transfer ke Piala UEFA		1–2	0–1	—	5–0
4	Basel	6	0	1	5	2	16	−14	1			0–5	0–1	1–2	—

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		LIV	ATM	OM	PSV
1	Liverpool	6	4	2	0	11	5	+6	14	Maju ke babak gugur		—	1–1	1–0	3–1
2	Atlético Madrid	6	3	3	0	9	4	+5	12			1–1	—	2–1	2–1
3	Marseille	6	1	1	4	5	7	−2	4	Transfer ke Piala UEFA		1–2	0–0	—	3–0
4	PSV Eindhoven	6	1	0	5	5	14	−9	3			1–3	0–3	2–0	—

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		MU	VIL	AAB	CEL
1	Manchester United	6	2	4	0	9	3	+6	10	Maju ke babak gugur		—	0–0	2–2	3–0
2	Villarreal	6	2	3	1	9	7	+2	9			0–0	—	6–3	1–0
3	Aalborg BK	6	1	3	2	9	14	−5	6	Transfer ke Piala UEFA		0–3	2–2	—	2–1
4	Celtic	6	1	2	3	4	7	−3	5			1–1	2–0	0–0	—

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		BAY	OL	FIO	STE
1	Bayern Munich	6	4	2	0	12	4	+8	14	Maju ke babak gugur		—	1–1	3–0	3–0
2	Lyon	6	3	2	1	14	10	+4	11			2–3	—	2–2	2–0
3	Fiorentina	6	1	3	2	5	8	−3	6	Transfer ke Piala UEFA		1–1	1–2	—	0–0
4	Steaua București	6	0	1	5	3	12	−9	1			0–1	3–5	0–1	—

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		POR	ARS	DK	FEN
1	Porto	6	4	0	2	9	8	+1	12	Maju ke babak gugur		—	2–0	0–1	3–1
2	Arsenal	6	3	2	1	11	5	+6	11			4–0	—	1–0	0–0
3	Dynamo Kyiv	6	2	2	2	4	4	0	8	Transfer ke Piala UEFA		1–2	1–1	—	1–0
4	Fenerbahçe	6	0	2	4	4	11	−7	2			1–2	2–5	0–0	—

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		JUV	RM	ZEN	BAT
1	Juventus	6	3	3	0	7	3	+4	12	Maju ke babak gugur		—	2–1	1–0	0–0
2	Real Madrid	6	4	0	2	9	5	+4	12			0–2	—	3–0	2–0
3	Zenit Saint Petersburg	6	1	2	3	4	7	−3	5	Transfer ke Piala UEFA		0–0	1–2	—	1–1
4	BATE Borisov	6	0	3	3	3	8	−5	3			2–2	0–1	0–2	—

---

---

---

---

---