Sekretariat Perjanjian Antarktika (Bahasa Inggris: Antarctic Treaty Secretariat (ATS) adalah organisasi yang dibentuk pada tahun 2003 oleh Pertemuan Konsultatif Perjanjian Antarktika (bahasa Inggris: Antarctic Treaty Consultative Meeting (ATCM) untuk pengelolaan beberapa tugas ATCM seperti mendukung pertemuan tahunan negara-negara penandatangan Sistem Traktak Antarktika, dan publikasi laporan tahunan ATCM. Sekretariat dibentuk melalui Pengukuran 1 (2003), diadopsi oleh Pertemuan Konsultasi Perjanjian Antarktika XXVI yang diadakan di Madrid (Spanyol). Selain pembentukan Sekretariat, Measure 1 (2003) juga mengatur fungsi dan anggaran Sekretariat. Kegiatan lain yang dilakukan oleh Sekretariat termasuk dukungan antar sesi untuk Komite Perlindungan Lingkungan (CEP), meningkatkan komunikasi antara penandatangan perjanjian, serta kompilasi ulang, penyimpanan dan distribusi informasi, seperti catatan ATCM dan CEP. Sekretaris Eksekutif pertama organisasi itu adalah Jan Huber, dari Belanda. Huber menduduki posisi ini selama 5 tahun hingga 31 Agustus 2009. Ia digantikan pada 1 September 2009 oleh Manfred Reinke (Jerman) yang terpilih pada April 2009 oleh Antarktika Treaty Consultative Meeting di Baltimore (AS). Reinke digantikan oleh Albert Lluberas (Uruguay), yang terpilih pada Juni 2017 pada Pertemuan Perjanjian Konsultatif Antarktika ke-40 di Beijing (Tiongkok). Kantor Pusat Sekretariat didirikan di Buenos Aires, Argentina. Perjanjian Antarktika beroperasi tanpa lembaga permanen hingga tanggal 1 September 2004, ketika Sekretariat Perjanjian Antarktika mulai beroperasi di Buenos Aires.

Di bawah arahan Pertemuan Konsultasi Perjanjian Antarktika, Sekretariat bekerja untuk:

• Mempersiapkan dan mendukung ATCM dan pertemuan lainnya
• Kumpulkan, pertahankan, dan publikasikan catatan ATCM
• Memfasilitasi pertukaran informasi antara Para Pihak yang disyaratkan berdasarkan Traktat dan Protokol
• Memberikan informasi tentang sistem Perjanjian Antarktika kepada publik

• Sistem Traktak Antarktika