Sekolah Menengah Pertama Muhammadiyah 3 Yogyakarta (SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta) adalah sebuah sekolah menengah pertama di Kecamatan Wirobrajan, Kota Yogyakarta. Pendiriannya pada tahun 1951 oleh Pengurus Ranting Muhammadiyah Notoprajan.

Sekolah Menengah Pertama Muhammadiyah 3 Yogyakarta didirikan pada tahun 1951 oleh Pengurus Ranting Muhammadiyah Notoprajan. Ketika didirikan, sekolah ini diberi nama Sekolah Menengah Pertama Muhammadiyah IV Wirobrajan.^[1]

Bangunan SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta didirikan di Jalan Kapten Piere Tandean Nomor 19 Kemantren Wirobrajan, Kota Yogyakarta. Luas bangunan SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta adalah 4.284 m² dengan lahan seluas 4.917 m².^[2]

• Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah, Pimpinan Pusat Muhammadiyah (2015). Profil Sekolah/Madarasah/Pondok Pesantren Muhammadiyah Unggulan (Best Practice). Jakarta Pusat: Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah, Pimpinan Pusat Muhammadiyah. Pemeliharaan CS1: Status URL (link)