Penyakit sistem reproduksi adalah segala penyakit pada sistem reproduksi manusia.

Infeksi saluran reproduksi (ISR) adalah infeksi yang menyerang saluran reproduksi, yang merupakan bagian dari sistem reproduksi. Pada perempuan, infeksi saluran reproduksi dapat menyerang saluran reproduksi atas (tuba falopi, ovarium, dan uterus) serta saluran reproduksi bawah (vagina, serviks, dan vulva); bagi laki-laki, infeksi ini menyerang penis, testis, uretra, atau vas deferens. Tiga jenis infeksi saluran reproduksi adalah infeksi endogen, infeksi iatrogenik, dan yang lebih umum dikenal sebagai infeksi menular seksual.^[1] Masing-masing memiliki penyebab dan gejala spesifik tersendiri, yang disebabkan oleh bakteri, virus, jamur, atau organisme lain. Beberapa infeksi mudah diobati dan dapat disembuhkan, beberapa lebih sulit, dan beberapa tidak dapat disembuhkan seperti AIDS dan herpes.^[2]

Contoh kelainan bawaan pada sistem reproduksi meliputi:^{[butuh rujukan]}

• Sindrom Kallmann - Gangguan genetik yang menyebabkan penurunan fungsi kelenjar penghasil hormon seks yang disebabkan oleh defisiensi satu atau kedua testis dari skrotum.
• Sindrom insensitivitas androgen - Suatu gangguan genetik yang menyebabkan orang yang secara genetik laki-laki (yaitu pasangan kromosom XY) berkembang secara seksual sebagai perempuan karena ketidakmampuan untuk memanfaatkan androgen.
• Interseksualitas - Seseorang yang memiliki genitalia dan/atau ciri seksual lain yang tidak secara jelas laki-laki atau perempuan.

Contoh kanker pada sistem reproduksi meliputi:^{[butuh rujukan]}

• Hiperplasia prostat jinak
• Kanker payudara - Kanker kelenjar susu
• Kanker serviks - Kanker leher rahim
• Kanker ovarium - Kanker indung telur
• Kanker penis - Kanker penis
• Kanker prostat - Kanker kelenjar prostat
• Kanker rahim - Kanker rahim
• Kanker testis - Kanker testis
• Kanker vulva - Kanker vulva

Contoh masalah fungsional pada sistem reproduksi meliputi:

• Impotensi - Ketidakmampuan seorang laki-laki untuk menghasilkan atau mempertahankan ereksi.
• Hipogonadisme - Kurangnya fungsi gonad, baik terkait hormon maupun produksi gamet.
• Kehamilan ektopik - Ketika ovum yang telah dibuahi berimplantasi di jaringan apa pun selain dinding rahim.
• Gangguan gairah seksual perempuan - Suatu kondisi penurunan, ketidakcukupan, atau ketiadaan pelumasan pada perempuan selama aktivitas seksual.
• Ejakulasi dini - Kurangnya kontrol volunter (sukarela) atas ejakulasi.
• Dismenore - Adalah kondisi medis berupa nyeri selama menstruasi yang mengganggu aktivitas sehari-hari.^[3]

Diketahui pula bahwa gangguan pada sistem endokrin oleh bahan kimia tertentu berdampak buruk terhadap perkembangan sistem reproduksi dan dapat menyebabkan kanker vagina.^[4] Banyak penyakit reproduksi lainnya juga dikaitkan dengan paparan bahan kimia sintetis dan lingkungan. Bahan kimia umum yang diketahui memiliki kaitan dengan gangguan reproduksi meliputi: timbel, dioksin dan senyawa mirip dioksin, stirena, toluena, BPA (Bisfenol A) dan pestisida.^[5]