The Gene Ontology

Konten
Deskripsi	Resource with controlled vocabulary to describe the function of genes and gene products
Kontak
Kutipan utama	36866529
Akses
Situs web	geneontology.org
Perangkat
Lain-lain
Lisensi	CC BY 4.0 license

Ontologi Gen (bahasa Inggris: Gene Ontologycode: en is deprecated (GO) adalah suatu konsorsium dalam studi bioinformatika yang bertujuan untuk menyatukan representasi atribut gen dan produk gen di seluruh spesies.^[1][2] Lebih spesifik lagi, proyek ini bertujuan untuk: 1) memelihara dan mengembangkan kosakata terkendali atribut gen dan produk gen; 2) menganotasi gen dan produk gen, serta mengasimilasi dan menyebarluaskan data anotasi; dan 3) menyediakan perangkat untuk akses mudah ke semua aspek data yang disediakan oleh proyek, dan untuk memungkinkan interpretasi fungsional data eksperimen menggunakan GO, misalnya melalui analisis pengayaan.^[3][4] GO adalah bagian dari upaya klasifikasi yang lebih besar, yaitu Ontologi Biomedika Terbuka (Open Biomedical Ontologies), yang merupakan salah satu Calon Anggota Awal dari OBO Foundry.^[5]

Adupun jika nomenklatur gen lebih berfokus pada gen dan produk gen, GO hanya berfokus pada fungsi gen dan produk gen. GO juga memperluas upaya dengan menggunakan bahasa markup untuk membuat data (tidak hanya gen dan produknya tetapi juga atribut yang dikurasi) dapat dibaca mesin, dan melakukannya dengan cara yang terpadu di seluruh spesies (sedangkan konvensi tata nama gen bervariasi berdasarkan takson biologis).

Awalny, konsorsium ini diciptakan pada tahun 1998 oleh peneliti yang mempelajari genom dari tiga organisme model: Drosophila melanogaster (lalat buah), Mus musculus (tikus), dan Saccharomyces cerevisiae (ragi pembuat bir atau roti).^[6] Lalu, banyak basis data organisme model lainnya bergabung dengan dengan konsorisum ini, yang berkontribusi tidak hanya pada data anotasi, tetapi juga pada pengembangan ontologi dan alat untuk melihat dan menerapkan data., sehingga banyak basis data tumbuhan, hewan, dan mikroorganisme utama memberikan kontribusi terhadap proyek ini. Pada Juli 2019, GO berisi 44.945 istilah; ada 6.408.283 anotasi untuk 4.467 organisme biologis yang berbeda, baik dari basis data tumbuhan, hewan, maupun mikroorganisme.^[7] Ada banyak literatur tentang pengembangan dan penggunaan GO, dan telah menjadi alat standar dalam gudang bioinformatika. Tujuan mereka memiliki tiga aspek: membangun ontologi gen, menetapkan ontologi ke gen/produk gen, dan mengembangkan perangkat lunak serta basis data untuk dua objek pertama.

GO memiliki tiga kategori berdasarkan fungsi, yiatu: 1) proses biologi yang merinci tentang proses-proses seluler yang terdampak dari protein yang bersangkutan, seperti komunikasi antar sel, pertumbuhan sel, siklus sel, kematian sel, dan lainnya; 2) fungsi molekuler yang merinci tentang aktivitas katalitik, regulator apoptosis, dan lainnya, serta; 3) komponen seluler yang merinci tentang lokasi di dalam sel tempat protein tersebut bekerja, seperti badan Golgi, retikulum endoplasma, nukleus, dan lain-lain. Masing-masing dari kategori tersebut akan dibagai lagi menjadi sub-kategori dalam tingkatan umum dan khusus.^[2]

Wikidata memiliki sebuah properti, P686, untuk Ontologi Gen (lihat penggunaan)

• AmiGO - kumpulan alat berbasis web resmi saat ini yang digunakan untuk mencari dan menjelajahi pangkalan datanya
• Gene Ontology Consortium - situs resmi
• PlantRegMap - Anotasi GO untuk 165 spesies tanaman dan Analisis Pengayaan GO

1. ^ The Gene Ontology Consortium (January 2008). "The Gene Ontology project in 2008". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D440–4. doi:10.1093/nar/gkm883. PMC 2238979. PMID 17984083.
2. ^ ^{a b} Aprilyanto, Victor; Sembiring, Langkah (2017). Bioinformatika. Yogyakarta: Innosain. ISBN 9786026542328. Pemeliharaan CS1: Status URL (link)
3. ^ Dessimoz, Christophe; Škunca, Nives, ed. (2017). The Gene Ontology Handbook. Methods in Molecular Biology. Vol. 1446. doi:10.1007/978-1-4939-3743-1. ISBN 9781493937431. ISSN 1064-3745. S2CID 3708801.
4. ^ Gaudet, Pascale; Škunca, Nives; Hu, James C.; Dessimoz, Christophe (2017). "Primer on the Gene Ontology". The Gene Ontology Handbook. Methods in Molecular Biology. Vol. 1446. hlm. 25–37. doi:10.1007/978-1-4939-3743-1_3. ISBN 978-1-4939-3741-7. ISSN 1064-3745. PMC 6377150. PMID 27812933.
5. ^ Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, Goldberg LJ, Eilbeck K, Ireland A, Mungall CJ, Leontis N, Rocca-Serra P, Ruttenberg A, Sansone SA, Scheuermann RH, Shah N, Whetzel PL, Lewis S (November 2007). "The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration". Nature Biotechnology. 25 (11): 1251–5. doi:10.1038/nbt1346. PMC 2814061. PMID 17989687.
6. ^ Ashburner M, Ball CA, Blake JA, Botstein D, Butler H, Cherry JM, Davis AP, Dolinski K, Dwight SS, Eppig JT, Harris MA, Hill DP, Issel-Tarver L, Kasarskis A, Lewis S, Matese JC, Richardson JE, Ringwald M, Rubin GM, Sherlock G (May 2000). "Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium". Nature Genetics. 25 (1): 25–9. doi:10.1038/75556. PMC 3037419. PMID 10802651.
7. ^ "The Gene Ontology Resource". Gene Ontology Consortium.