Tahap knockout AFC Challenge League 2024–25 akan dimainkan dari 5 Maret hingga 10 Mei 2025.^[1] Sebanyak 8 tim akan berkompetisi di tahap knockout untuk menentukan juara Liga Challenge AFC 2024–2025 .^[2]

Tim-tim berikut melaju dari Babak Grup:

• Juara grup dan runner-up terbaik di Wilayah Barat (Grup A–C).
• Juara dan runner-up dari masing-masing grup di Wilayah Timur (Grup D–E).

Wilayah	Grup	Juara	Runner-up
Wilayah Barat	A	East Bengal	—
	B	Arkadag	Al-Arabi
	C	Al-Seeb	—
Wilayah Timur	D	Shan United	Tainan City
	E	Madura United	Preah Khan Reach Svay Rieng

Di tahap knockout, 8 tim akan bermain dalam turnamen eliminasi tunggal. Setiap pertandingan dimainkan dengan dua leg di kandang dan tandang, kecuali final yang akan dimainkan dalam satu pertandingan. Waktu tambahan dan penalti akan digunakan untuk menentukan pemenang jika diperlukan (catatan bahwa aturan gol tandang dihapus). (Regulasi Pasal 10).

Putaran	Pertandingan
Perempat Final	Wilayah Barat (Pertandingan dan urutan leg ditentukan oleh identitas runner-up terbaik: tim pertama yang terdaftar menjamu leg pertama, tim kedua yang terdaftar menjamu leg kedua) Jika runner-up terbaik dari Grup A QF1: Runner-up Grup A vs. Juara Grup B QF2: Juara Grup C vs. Juara Grup A Jika runner-up terbaik dari Grup B QF1: Runner-up Grup B vs. Juara Grup C QF2: Juara Grup A vs. Juara Grup B Jika runner-up terbaik dari Grup C QF1: Runner-up Grup C vs. Juara Grup A QF2: Juara Grup B vs. Juara Grup C Wilayah Timur (Tim pertama yang terdaftar menjamu leg pertama, tim kedua yang terdaftar menjamu leg kedua) QF3: Runner-up Grup E vs. Juara Grup D QF4: Runner-up Grup D vs. Juara Grup E
Semi-Final	(Tim yang menang dari semi-final Wilayah Timur menjamu pertandingan) Pemenang SF2 vs. Pemenang SF1

Setelah undian, jadwal setiap putaran adalah sebagai berikut.^[1]

Tahap	Putaran	Leg Pertama	Leg Kedua
Tahap knockout	Perempat final	5–6 Maret 2025	12–13 Maret 2025
	Semi-final	9–10 April 2025	16–17 April 2025
	Final	10 Mei 2025

	Perempat final							Semi final							Final
	E2	Preah Khan Reach Svay Rieng	6	1	7
	D1	Shan United	2	2	4
								Preah Khan Reach Svay Rieng FC		3	3	6
	Wilayah Timur
								Madura United		0	3	3
	D2	Tainan City	0	0	0
	E1	Madura United	0	3	3
															Preah Khan Reach Svay Rieng		1
															Arkadag		2 (p.w.)
	B2	Al-Arabi	1	2	3
	C1	Al-Seeb	0	2	2
								Al-Arabi		2	0	2
	Wilayah Barat
								Arkadag		0	3	3
	A1	East Bengal	0	1	1
	B1	Arkadag	1	2	3

Di perempat final, delapan tim yang lolos bermain dalam dua pertandingan, dengan pertandingan dan urutan leg ditentukan oleh undian grup dan identitas runner-up terbaik.

Wilayah Barat

Tim 1	Agr.	Tim 2	Laga 1	Laga 2
Al-Arabi	3–2	Al-Seeb	1–0	2–2
East Bengal	1–3	Arkadag	0–1	1–2

Wilayah Timur

Tim 1	Agr.	Tim 2	Laga 1	Laga 2
Preah Khan Reach Svay Rieng	7–4	Shan United	6–2	1–2
Tainan City	0–3	Madura United	0–0	0–3

Al-Arabi menang dengan agregat 3-2

---

Arkadag menang dengan agregat 3-1

Preah Khan Reach Svay Rieng menang dengan agregat 7-4

---

Madura United menang dengan agregat 3-0

Di semi-final, pemenang perempat final dari masing-masing wilayah akan bertemu dalam pertandingan dua leg. Pemenang dari setiap pertandingan akan maju ke final.

Wilayah Barat

Tim 1	Agr.	Tim 2	Laga 1	Laga 2
Al-Arabi	2–3	Arkadag	2–0	0–3

Wilayah Timur

Tim 1	Agr.	Tim 2	Laga 1	Laga 2
Preah Khan Reach Svay Rieng	6–3	Madura United	3–0	3–3

Arkadag Menang Dengan Agregat 3-2

Svay Rieng Menang Dengan Agregat 6-3

Di final, pemenang dari masing-masing semi-final akan bertemu, dengan tim tuan rumah (pemenang semi-final dari Wilayah Timur) berganti dari final musim sebelumnya.

Svay Rieng

Arkadag

GK 27 Vireak Dara RB 13 Sareth Krya CB 61 Takashi Odawara  114' CB 5 Soeuy Visal (c) LB 97 Breno Caetano CM 25 Chou Sinti  109' CM 28 Ryo Fujii RW 30 Nhean Sosidan  74' AM 21 Cristian Roque  37'  55' LW 9 Gabriel Silva  91' CF 17 Bounphachan Bounkong  55' Substitutes: GK 18 Aim Sovannarath GK 31 Sang Hankhun DF 3 Sath Rosib MF 6 Hikaru Mizuno  114' MF 8 Pablo  55' MF 10 Kouch Dani  109' MF 16 Kim Sokyuth MF 26 Min Ratanak  74' MF 29 Soun Sovan MF 93 Thierry Bin FW 11 Nick Taylor  91' FW 98 Moresche  55' Manager: Pep Muñoz [es]

GK 16 Rasul Çaryýew  120+5' CB 4 Mekan Saparow CB 2 Güýçmyrat Annagulyýew CB 5 Abdy Bäşimow (c) RWB 12 Ybraýym Mämmedow  71' LWB 8 Yhlas Saparmämmedow  80' RM 31 Yazgylyç Gurbanow  72' CM 13 Welmyrat Ballakow  72' CM 14 Şanazar Tirkişow  110' LM 21 Mirza Beknazarow CF 11 Didar Durdyýew  60' Substitutes: GK 1 Rüstem Ahallyýew DF 25 Ilýas Çaryýew MF 18 Arzuwguly Sapargulýyew  80' MF 19 Begenç Akmämmedow  60' MF 77 Şamämmet Hydyrow  110' MF 88 Ahmet Ataýew  72' FW 9 Enwer Annaýew FW 17 Altymyrat Annadurdyýew  72' FW 23 Berdimyrat Rejebow  71' Manager: Akhmet Allaberdiyev  45+4'

Assistant referees:[3] Yoon Jae-yeol (South Korea) Cheon Jin-hee (South Korea) Fourth official:[3] Kim Dae-yong (South Korea) Fifth official:[3] Bang Gi-yeol (South Korea) Video assistant referee:[3] Kim Woo-sung (South Korea) Assistant video assistant referee:[3] Chae Sang-hyeop (South Korea)

Peraturan pertandingan 90 menit. 30 menit waktu tambahan jika seri. Adu penalti jika masih seri setelah waktu tambahan. Sepuluh pemain pengganti yang ditunjuk, yang dapat digunakan hingga lima orang, dengan pemain keenam diizinkan pada waktu tambahan.[note 1]

• AFC Challenge League, the-AFC.com

Kesalahan pengutipan: Ditemukan tanda <ref> untuk kelompok bernama "note", tapi tidak ditemukan tanda <references group="note"/> yang berkaitan