Kebun raya di Indonesia memiliki koleksi yang seluruhnya terdiri dari spesies asli dan endemik Indonesia, dimana sebagian besar koleksi juga mencakup tanaman dari seluruh dunia. Di Indonesia, terdapat kebun raya dan arboretum yang tersebar di beberapa wilayah Indonesia, sebagian besar dikelola oleh pemerintah daerah dan beberapa dimiliki swasta.

• Kebun Raya Bogor, Bogor, Jawa Barat
• Kebun Raya Cibodas, Cianjur, Jawa Barat
• Kebun Raya Purwodadi, Pasuruan, Jawa Timur
• Kebun Raya Bali, Bedugul, Bali
• Kebun Raya Cibinong, Kabupaten Bogor, Jawa Barat

Kelima Kebun Raya di atas berada di bawah naungan Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia.

Adapun Kebun raya lainnya berada di bawah administrasi Kabupaten/Kota dan rencananya memiliki total 45 Kebun Raya.^[1][2]

1. Kebun Raya Samosir, Samosir, Sumatera Utara^[3]
2. Kebun Raya Sipirok, Tapanuli Selatan^[4]
3. Kebun Raya Pelalawan, Riau
4. Kebun Raya Batam, Kepulauan Riau
5. Kebun Raya Solok, Solok, Sumatera Barat
6. Kebun Raya Tebat Gadong, Belitung Timur
7. Kebun Raya Rimbe Mambang, Bangka
8. Kebun Raya Bukit Sari Jambi, Jambi
9. Kebun Raya Sumatera Selatan, Palembang, Sumatera Selatan
10. Kebun Raya Institut Teknologi Sumatera, Lampung
11. Kebun Raya Liwa, Lampung Barat, Lampung

1. Ecopark (Cibinong Science Center-Botanical Garden), Bogor, Jawa Barat – perpanjangan dari Kebun Raya Bogor.
2. Kebun Raya Kuningan, Kabupaten Kuningan, Jawa Barat
3. Kebun Raya Baturaden, Kabupaten Banyumas, Jawa Tengah
4. Kebun Raya Indrokilo, Boyolali, Jawa Tengah
5. Kebun Raya Gunung Tidar, Magelang, Jawa Tengah
6. Kebun Raya Mangrove, Surabaya, Jawa Timur

1. Kebun Raya Sambas, Kalimantan Barat^[5]
2. Kebun Raya Danau Lait, Sanggau, Kalimantan Barat
3. Kebun Raya Katingan, Katingan, Kalimantan Tengah^[6]
4. Kebun Raya Sampit, Kalimantan Tengah
5. Kebun Raya Banua, Banjarbaru, Kalimantan Selatan
6. Kebun Raya Tanjung Puri, Kalimantan Selatan^[7]
7. Kebun Raya Balangan, Kalimantan Selatan^[8]
8. Kebun Raya Unmul Samarinda, Samarinda, Kalimantan Timur
9. Kebun Raya Balikpapan, Balikpapan, Kalimantan Timur

1. Kebun Raya Massenrempulu, Enrekang, Sulawesi Selatan
2. Kebun Raya Gardenia, Minahasa, Sulawesi Utara
3. Kebun Raya Megawati Soekarno Putri, Sulawesi Utara
4. Kebun Raya Pucak, Maros, Sulawesi Selatan^[9]
5. Kebun Raya Jompie, Parepare, Sulawesi Selatan^[10]
6. Kebun Raya Sigi, Sulawesi Tengah^[11]
7. Kebun Raya Kendari, Kendari, Sulawesi Tenggara
8. Kebun Raya Universitas Halu Oleo, Kendari, Sulawesi Tenggara

1. Kebun Raya Jagatnatha, Jembrana, Bali^[12]
2. Kebun Raya Gianyar, Bali^[13]
3. Kebun Raya Balingkang, Bangli, Bali^[14]
4. Kebun Raya Lemor, Lombok, Nusa Tenggara Barat^[15]
5. Kebun Raya Wolobobo, Ngada, Nusa Tenggara Timur^[16]
6. Kebun Raya Biologi Wamena, Papua^[17]

1. ^ KRB Ultah: Indonesia Perlu 45 Kebon Raya | Poskotanews.com Diarsipkan 2011-10-08 di Wayback Machine.. Poskota.co.id. Retrieved on 2012-01-21.
2. ^ (dalam bahasa Indonesia) Pusat Konservasi Tumbuhan Kebun Raya-LIPI
3. ^ "Kebun Raya Ini Siap Dukung Pariwisata Samosir". Metro Online. Diakses tanggal 2026-04-10.
4. ^ Nua, Faustinus. "Kebun Raya Sipirok Resmi Dibuka untuk Umum". mediaindonesia.com. Diakses tanggal 2026-04-10.
5. ^ Aan (2023-12-06). "Kebun Raya Sambas Diharapkan Bisa Sejajar dengan Kebun Raya Bogor". Pontianak Post. Diakses tanggal 2026-04-10.
6. ^ "Kebun Raya Katingan Memiliki Buah-buahan Tropis". kumparan. Diakses tanggal 2026-04-10.
7. ^ Lasmianti, Herlina (2022-01-19). "Pembangunan Kebun Raya Tanjung Puri masuki tahap kedua". ANTARA News Kalimantan Selatan. Diakses tanggal 2026-04-10.
8. ^ Dirga, M (2026-02-21). "Berawal dari Hutan Kota, Ini Sejumlah Fakta Kebun Raya Balangan yang Patut Diketahui". Radar Banjarmasin. Diakses tanggal 2026-04-10.
9. ^ Makassarmetro.com. "Kebun Raya Maros Bakal Jadi Destinasi Andalan Sulsel". Makassarmetro.com. Diakses tanggal 2026-04-10.
10. ^ "Kementerian PUPR Dukung Pengembangan Kebun Raya Jompie Kota Parepare". kumparan. Diakses tanggal 2026-04-10.
11. ^ Kompas, Tim Harian (2018-04-21). "Sigi Gagas Pembangunan Kebun Raya". Kompas.id. Diakses tanggal 2026-04-10.
12. ^ Tabelak, Donny (2017-12-12). "Kebun Raya Jagatnatha Dibangun Rp 30 M, Siap Dirilis 2019". Radar Bali. Diakses tanggal 2026-04-10.
13. ^ "Gianyar Bangun Kebun Raya Tematik Seluas 10 Hektare". Tempo. 28 Maret 2016 | 23.02 WIB. Diakses tanggal 2026-04-10.
14. ^ Lazuardi, Adi (2019-03-19). "LIPI : kawasan Pura Balingkang layak jadi kebun raya - ANTARA News Bali". Antara News. Diakses tanggal 2026-04-10.
15. ^ Wihardandi, Aji (2012-04-24). "Hutan Lindung Lemor NTB Kini Jadi Kebun Raya". Mongabay.co.id. Diakses tanggal 2026-04-10.
16. ^ Radho, Belmin (2023-05-01). "Pemkab Ngada Bangun Kebun Raya Wolobobo Senilai Rp3,9 Miliar". Ekorantt.com. Diakses tanggal 2026-04-10.
17. ^ "LIPI Bentuk Taman Adat dan Budaya Papua di Jayawijaya". Tempo. 26 Juni 2017 | 15.55 WIB. Diakses tanggal 2026-04-10.