Berikut adalah Daftar perguruan tinggi swasta di Nusa Tenggara Timur, yang pembinaannya berada di bawah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia dan Perguruan Tinggi Swasta Keagamaan, yang pembinaannya berada di bawah Kementerian Agama. Daftar ini tidak termasuk Perguruan Tinggi Kedinasan yang pembinaannya berada dibawah masing-masing kementerian/lembaga.

• Universitas Aryasatya Deo Muri, Kota Kupang
• Universitas Citra Bangsa, Kota Kupang
• Universitas Flores, Kab Ende
• Universitas Karyadarma Kupang, Kota Kupang
• Universitas Katolik Indonesia Santu Paulus Ruteng, Kab Manggarai
• Universitas Katolik Widya Mandira, Kota Kupang
• Universitas Katolik Weetebula, Sumba Barat Daya
• Universitas Kristen Artha Wacana, Kota Kupang
• Universitas Kristen Wira Wacana, Kab Sumba Timur
• Universitas Muhammadiyah Kupang, Kota Kupang
• Universitas Muhammadiyah Maumere, Sikka
• Universitas Nusa Lontar Rote, Kab Rote Ndao
• Universitas Nusa Nipa, Kab Sikka
• Universitas Persatuan Guru 1945 NTT, Kota Kupang
• Universitas San Pedro, Kota Kupang
• Universitas Stella Maris, Sumba
• Universitas Timor, Kota Kefamenanu
• Universitas Tribuana Kalabahi, Kab Alor

• Institut Filsafat dan Teknologi Kreatif Ledalero, Sikka
• Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan Muhammadiyah Maumere, Kab Sikka
• Institut Keguruan dan Teknologi Larantuka, Kab Flores Timur
• Institut Nasional Flores, Kab Nagakeo
• Institut Pendidikan Soe, Timor Tengah Selatan
• Institut Teknologi Alberth Foenay, Kota Kupang

• Sekolah Tinggi Agama Islam Kupang, Kupang
• Sekolah Tinggi Agama Kristen Arastamar SoE, Timor Tengah Selatan
• Sekolah Tinggi Bahasa Asing Cakrawala Nusantara, Kupang
• Sekolah Tinggi Bahasa Asing Mentari, Kupang
• Sekolah Tinggi Filsafat Katolik Ledalero, Maumere, Sikka
• Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Karya, Ruteng
• Sekolah Tinggi Ilmu Hukum Cendana Wangi, Kefamenanu
• Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Maranatha, Kupang
• Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Nusantara, Kupang
• Sekolah Tinggi Ilmu Manajemen Kupang, Kupang
• Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Politik Fajar Timur, Atambua, Belu
• Sekolah Tinggi Ilmu Teknologi Kelautan, Kupang
• Sekolah Tinggi Informatika Komputer Artha Buana, Kupang
• Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Citra Bakti Ngada, Flores
• Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Citra Bina Nusantara, Kupang
• Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Nusa Bunga Floresta, Nagekeo
• Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Muhammadiyah Kalabahi, Alor
• Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Sinar Pancasila, Betun
• Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Komputer Kupang
• Sekolah Tinggi Manajemen Informatika Komputer Uyelindo, Kupang
• Sekolah Tinggi Pastoral Atma Reksa, Ende
• Sekolah Tinggi Pastoral Reinha, Larantuka
• Sekolah Tinggi Pastoral St Sirilus, Ruteng
• Sekolah Tinggi Pembangunan Masyarakat Santa Ursula, Ende
• Sekolah Tinggi Pertanian Flores, Bajawa
• Sekolah Tinggi Teologi Malaka, Malaka
• Sekolah Tinggi Teologi Terpadu Waingapu
• Sekolah Tinggi Teologi SoE, Timor Tengah Selatan
• STIE Oemathonis, Kupang
• STIE Putra Timor, Kupang

• Politeknik Cristo Re, Flores
• Politeknik eLBajo Commodus, Manggarai Barat
• Politeknik Kesehatan Bakti Sumba
• Politeknik Pertahanan Dr. Aloysius Benedictus Mboi
• Politeknik Santo Wilhelmus, Nagekeo

• Akademi Komunitas Negeri Teknologi Garam Nagekeo, Nagekeo
• Akademi Bahasa Asing Santa Mary Ende, Ende
• Akademi Farmasi St. Fransiskus Xaverius, Sikka
• Akademi Keperawatan Maranatha, Kupang
• Akademi Keperawatan St. Elisabeth Lela, Maumere
• Akademi Keuangan dan Perbankan Effata Kupang, Kupang
• Akademi Koperasi Indonesia Ratu Jelita, Kupang
• Akademi Manajemen Informatika dan Komputer Mataram, Ende
• Akademi Pariwisata Kupang, Kupang
• Akademi Pekerjaan Sosial Kupang, Kupang
• Akademi Teknik Kupang, Kupang