Daftar herbarium di Indonesia disusun berdasarkan Index Herbariorum Indonesianum yang diterbitkan pertama kali pada tahun 2006 oleh Pusat Penelitian Biologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia untuk tujuan inventarisasi. Dalam daftar ini terdapat 30 herbarium yang dimiliki oleh perguruan tinggi, lembaga swadaya masyarakat, atau lembaga penelitian yang ada di Indonesia.^[1] Seluruh herbarium ini tersebar di wilayah Indonesia yang dimulai dari Sumatra hingga ke Papua.^[2]

• Herbarium Medanense

• Herbarium Universitas Andalas

• Herbarium Lampungense

• Xylarium Bogoriense
• Herbarium Botani Hutan
• Herbarium Hortus Botanicus Tjibodensis
• Herbarium Jatinangoriense
• Herbarium Universitas Pendidikan Indonesia

• Herbarium Universitas Negeri Jakarta
• Herbarium Universitas Nasional

• Herbarium Universitas Soedirman
• Herbarium Soloense

• Herbarium Malangense
• Herbarium Universitas Brawijaya
• Herbarium Hortus Botanicus Purwodadiensis

• Herbarium Universitas Gadjah Mada

• Herbarium Cimtrop

• Herbarium Wanariset
• Herbarium Universitas Mulawarman

• Herbarium Macassariense

• Herbarium Wallaceana

• Herbarium Celebense

• Herbarium Hortus Botanicus Baliensis

• Herbarium Manokwariense

1. ^ Girmansyah, D., dkk. 2018, hlm. 3.
2. ^ Girmansyah, D., dkk. 2018, hlm. 61.

• Girmansyah, D., dkk. (2018). Indeks Herbariorum Indonesianum (PDF) (Edisi 2). Jakarta: LIPI Press. ISBN 978-979-799-949-0. Diarsipkan (PDF) dari versi aslinya tanggal 2021-09-14. Diakses tanggal 2021-10-11. Pemeliharaan CS1: Banyak nama: authors list (link) Pemeliharaan CS1: Ref menduplikasi bawaan (link)