Daftar bendera kotamadya di Jepang mengandung bendera-bendera kotamadya di Jepang.

Sebagian besar kotamadya di Jepang memiliki bendera yang unik. Seperti bendera prefektur, bendera kotamadya rata-rata memiliki simbol geometris dwiwarna (mon), biasanya berupa huruf sistem penulisan bahasa Jepang (kanji, hiragana, katakana, atau Rōmaji).

Karena jumlahnya banyak, daftar ini dibagi per wilayah.

• Daftar bendera kotamadya di Hokkaidō
• Daftar bendera kotamadya di wilayah Tōhoku
• Daftar bendera kotamadya di wilayah Kantō
• Daftar bendera kotamadya di wilayah Chūbu
• Daftar bendera kotamadya di wilayah Kansai
• Daftar bendera kotamadya di wilayah Chūgoku
• Daftar bendera kotamadya di Shikoku
• Daftar bendera kotamadya di Kyūshū

• 
  Sapporo, Hokkaido
• 
  Fukuoka, Fukuoka
• 
  Kitakyūshū, Fukuoka
• 
  Kumamoto, Kumamoto
• 
  Hamamatsu, Shizuoka
• 
  Nagoya, Aichi
• 
  Niigata, Niigata
• 
  Shizuoka, Shizuoka
• 
  Hiroshima, Hiroshima
• 
  Okayama, Okayama
• 
  Kobe, Hyōgo
• 
  Kyoto, Kyoto
• 
  Osaka, Osaka
• 
  Sakai, Osaka
• 
  Chiba, Chiba
• 
  Kawasaki, Kanagawa
• 
  Sagamihara, Kanagawa
• 
  Saitama, Saitama
• 
  Yokohama, Kanagawa
• 
  Sendai, Miyagi

• Daftar bendera Jepang
• Bendera Jepang
• Bendera Matahari Terbit

• (Jepang) 市町村旗・章リスト (daftar bendera atau simbol kotamadya)
• (Inggris) Bendera-bendera kotamadya di Jepang di Flags of the World.