Ini adalah kota tujuan yang dilayani oleh Batavia Air.

•  Indonesia

Sumatera:

• • Medan KNO (Bandar Udara Internasional Kualanamu)
  • Banda Aceh BTJ (Bandar Udara Internasional Sultan Iskandar Muda)
  • Padang PDG (Bandar Udara Internasional Minangkabau)
  • Dumai DUM (Bandar Udara Pinang Kampai)
  • Batam BTH (Bandar Udara Hang Nadim)
  • Jambi DJB (Bandar Udara Sultan Thaha)
  • Palembang PLM (Bandar Udara Sultan Mahmud Badaruddin II)
  • Pangkalpinang PGK (Bandar Udara Depati Amir)
  • Tanjungpinang TNJ (Bandar Udara Raja Haji Fisabilillah)
  • Lampung TKG (Bandar Udara Radin Inten II)

Jawa:

• • Jakarta CGK (Bandar Udara Internasional Soekarno-Hatta)
  • Bandung BDO (Bandar Udara Internasional Husein Sastranegara)
  • Semarang SRG (Bandar Udara Internasional Ahmad Yani)
  • Solo SOC (Bandar Udara Internasional Adi Sumarmo)
  • Yogyakarta JOG (Bandar Udara Adisucipto)
  • Surabaya SUB (Bandar Udara Internasional Juanda)
  • Malang MLG (Bandar Udara Abdul Rachman Saleh)

Bali/Nusa Tenggara:

• • Denpasar DPS (Bandar Udara Internasional Ngurah Rai)
  • Mataram LOP (Bandar Udara Internasional Lombok)
  • Kupang KOE (Bandar Udara El Tari)
  • Waingapu WGP (Bandar Udara Umbu Mehang Kunda)

Kalimantan:

• • Pontianak PNK Bandar Udara Supadio)
  • Banjarmasin BDJ (Bandar Udara Syamsudin Noor)
  • Samarinda BSB (Bandar Udara Samarinda Baru)
  • Balikpapan BPN (Bandar Udara Sultan Aji Muhammad Sulaiman)

Sulawesi:

• • Makassar UPG (Bandar Udara Internasional Sultan Hasanuddin) (rencana)
  • Manado MDC (Bandar Udara Internasional Sam Ratulangi)
  • Kendari KDI (Bandar Udara Haluoleo)
  • Gorontalo GTO (Bandar Udara Jalaluddin)
  • Toli-Toli TLI (Bandar Udara Sultan Bantilan)

Maluku:

• • Ambon AMQ (Bandar Udara Pattimura)
  • Ternate TTE (Bandar Udara Babullah)

Papua:

• • Sorong SOQ (Bandar Udara Dominique Eduard Osok)
  • Jayapura DJJ (Bandar Udara Sentani)
•  Malaysia
  • Kuching KCH (Bandar Udara Internasional Kuching) via Balikpapan
  • Kuala Lumpur KUL (Bandar Udara Internasional Kuala Lumpur)
•  Singapura
  • Singapura SIN (Bandar Udara Internasional Changi)
•  Timor Leste
  • Dili DIL (Bandar Udara Internasional Presidente Nicolau Lobato)

•  Tiongkok
  • Guangzhou CAN (Bandar Udara Internasional Guangzhou Baiyun)
  • Hangzhou HGH (Bandar Udara Internasional Xiaoshan)
  • Shanghai PVG (Bandar Udara Internasional Pudong)

•  Arab Saudi
  • Jeddah - Bandar Udara Internasional King Abdulaziz^[1]