Chlorobium
| Chlorobium | |
|---|---|
| |
Klasifikasi ilmiah 
| |
| Domain: | Bacteria |
| Kerajaan: | Pseudomonadati |
| Filum: | Chlorobiota |
| Kelas: | Chlorobiia |
| Ordo: | Chlorobiales |
| Famili: | Chlorobiaceae |
| Genus: | Chlorobium Nadson 1906 |
| Spesies tipe | |
| Chlorobium limicola Nadson 1906
| |
| Spesies | |
| Sinonim | |
| |
Chlorobium adalah sebuah genus dari bakteri sulfur hijau. Bakteri ini merupakan pengoksidasi fotolitotrofik sulfur dan yang paling penting memanfaatkan rantai transpor elektron non-siklik untuk mereduksi NAD+. Fotosintesis dicapai dengan menggunakan Pusat Reaksi Tipe 1 menggunakan bakterioklorofil (BChl) a. Dua kompleks antena fotosintetik membantu dalam penyerapan cahaya: kompleks Fenna-Matthews-Olson ("FMO", juga mengandung BChl a), dan klorosom yang sebagian besar menggunakan BChl c, d, atau e. Hidrogen sulfida digunakan sebagai sumber elektron dan karbon dioksida sebagai sumber karbonnya.[1]
Spesies Chlorobium menunjukkan warna hijau gelap; dalam kolom Winogradsky, lapisan hijau yang sering teramati terdiri dari Chlorobium. Genus ini hidup dalam kondisi anaerobik ketat di bawah permukaan badan air, umumnya di zona anaerobik dari danau eutrofik.[1]
Chlorobium aggregatum adalah spesies yang hidup dalam hubungan simbiosis dengan bakteri nonfotosintetik tidak berwarna. Spesies ini tampak seperti kumpulan bakteri hijau, yang melekat pada sel pusat seperti batang yang dapat bergerak dengan flagelum. Bakteri hijau bagian luar menggunakan cahaya untuk mengoksidasi sulfida menjadi sulfat. Sel bagian dalam, yang tidak dapat melakukan fotosintesis, mereduksi sulfat menjadi sulfida. Bakteri ini membelah secara serempak, memberikan struktur tersebut penampakan multiseluler yang sangat tidak biasa pada bakteri.[2]
Spesies Chlorobium diduga telah memainkan peran penting dalam peristiwa kepunahan massal di Bumi. Jika lautan menjadi anoksik (akibat terhentinya sirkulasi laut), maka Chlorobium akan mampu mengungguli kehidupan fotosintetik lainnya. Mereka akan menghasilkan metana dan hidrogen sulfida dalam jumlah besar yang akan menyebabkan pemanasan global dan hujan asam. Hal ini akan berdampak besar bagi organisme laut lainnya dan juga bagi organisme darat. Bukti untuk populasi Chlorobium yang melimpah diberikan oleh fosil kimia yang ditemukan dalam sedimen yang diendapkan pada kepunahan massal Kapur.
Signatur molekuler untuk Chlorobiota
Analisis genomik komparatif telah mengarah pada identifikasi 2 celahan sisipan terlestarikan yang secara unik ditemukan pada anggota filum Chlorobiota (sebelumnya Chlorobi) dan dengan demikian menjadi ciri khas filum tersebut. Celahan sisipan pertama adalah sisipan 28-asam amino pada DNA polimerase III dan yang kedua adalah sisipan 12 hingga 14 asam amino pada alanil-tRNA sintetase. Celahan sisipan ini tidak ditemukan pada bakteri lain dan dengan demikian berfungsi sebagai penanda molekuler untuk filum tersebut. Selain celahan sisipan terlestarikan, 51 protein yang secara unik ditemukan pada anggota filum Chlorobiota. 65 protein lain telah diidentifikasi yang unik untuk filum Chlorobiota, namun protein ini tidak ada pada beberapa spesies Chlorobiota dan tidak terdistribusi ke seluruh filum dengan pola yang jelas. Ini berarti bahwa kehilangan gen yang signifikan mungkin telah terjadi, atau keberadaan protein ini mungkin merupakan hasil dari transfer gen horizontal. Dari 65 protein ini, 8 ditemukan hanya pada Chlorobium luteolum dan Chlorobium phaeovibrioides. Kedua spesies ini membentuk klad yang didukung kuat dalam pohon filogenetik dan hubungan dekat antara spesies ini semakin didukung oleh keunikan berbagi 8 protein ini.[3]
Keterkaitan filum Chlorobiota dengan Bacteroidota dan Fibrobacterota
Spesies dari filum Bacteroidota (sebelumnya Bacteroidetes) dan Chlorobiota bercabang sangat berdekatan dalam pohon filogenetik, menunjukkan hubungan yang dekat. Melalui penggunaan analisis genomik komparatif, 3 protein telah diidentifikasi yang secara unik digunakan bersama oleh hampir semua anggota filum Bacteroidota dan Chlorobiota.[3] Keberbagian 3 protein ini signifikan karena selain 3 protein ini, tidak ada protein dari filum Bacteroidota atau Chlorobiota yang digunakan bersama oleh kelompok bakteri lain mana pun. Beberapa celahan sisipan terlestarikan juga telah diidentifikasi yang secara unik digunakan bersama oleh anggota filum Bacteroidota dan Chlorobiota. Keberadaan signatur molekuler ini mendukung hubungan dekat filum Bacteroidota dan Chlorobiota.[3][4] Selain itu, filum Fibrobacterota (sebelumnya Fibrobacteres) diindikasikan berkerabat secara spesifik dengan kedua filum ini. Sebuah klad yang terdiri dari ketiga filum ini sangat didukung oleh analisis filogenetik berdasarkan sejumlah protein yang berbeda.[4] Filum ini juga bercabang pada posisi yang sama berdasarkan celahan sisipan terlestarikan dalam sejumlah protein penting.[5] Terakhir dan yang terpenting, dua celahan sisipan terlestarikan (dalam protein RpoC dan dalam serin hidroksimetiltransferase) dan satu protein penanda PG00081 telah diidentifikasi yang secara unik digunakan bersama oleh semua spesies dari ketiga filum ini. Semua hasil ini memberikan bukti kuat bahwa spesies dari ketiga filum ini berbagi nenek moyang yang sama secara eksklusif dari semua bakteri lain dan telah diusulkan bahwa mereka semua harus diakui sebagai bagian dari satu superfilum "FCB".[3][4]
Filogeni
Taksonomi yang saat ini diterima didasarkan pada Daftar nama Prokariota dengan Standing in Nomenclature (LPSN)[6] dan Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI).[7]
| 16S rRNA berdasarkan LTP_10_2024[8][9][10] | 120 protein penanda berdasarkan GTDB 10-RS226[11][12][13] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
Spesies incertae sedis:
- "C. bathyomarinum" Betty dkk. 2005
- "Ca. C. canadense" Tsuji dkk. 2020
- "C. gokarna" Kumar dkk. 2005
Referensi
- ^ a b Prescott, Harley, Klein. (2005). Microbiology hlm. 195, 493, 597, 618-619, 339.
- ^ Postgate, John: "The Outer Reaches of Life", halaman 132-134. Cambridge University Press, 1994
- ^ a b c d Gupta R. S., Lorenzini E. "Phylogeny and molecular signatures (conserved proteins and indels) that are specific for the Bacteroidetes and Chlorobi species". BMC Evolutionary Biology. 7. doi:10.1186/1471-2148-7-71. PMC 1887533. PMID 17488508. ;
- ^ a b c Gupta R. S. "The phylogeny and signature sequences characteristics of Fibrobacteres, Chlorobi, and Bacteroidetes". Critical Reviews in Microbiology. 30 (2). doi:10.1080/10408410490435133. PMID 15239383. S2CID 24565648. ;
- ^ Griffiths E, Gupta RS. "The use of signature sequences in different proteins to determine the relative branching order of bacterial divisions: evidence that Fibrobacter diverged at a similar time to Chlamydia and the Cytophaga- Flavobacterium-Bacteroides division". Microbiology. 147 (Pt 9). doi:10.1099/00221287-147-9-2611. PMID 11535801. ;
- ^ Templat:Lpsn3
- ^ Schoch CL; et al. "Chlorobium". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Diakses tanggal 2025-06-05.
- ^ "The LTP". Diakses tanggal 10 Desember 2024.
- ^ "LTP_all tree in newick format". Diakses tanggal 10 Desember 2024.
- ^ "LTP_10_2024 Release Notes" (PDF). Diakses tanggal 10 Desember 2024.
- ^ "GTDB release 10-RS226". Genome Taxonomy Database. Diakses tanggal 1 Mei 2025.
- ^ "bac120_r226.sp_label". Genome Taxonomy Database. Diakses tanggal 1 Mei 2025.
- ^ "Taxon History". Genome Taxonomy Database. Diakses tanggal 1 Mei 2025.
Pranala luar
| Basis data pengawasan otoritas: Nasional |
|---|
Konten ini disalin dari wikipedia, mohon digunakan dengan bijak.
