Babak gugur Liga Champions UEFA 1999–2000 dimulai pada 4 April 2000 dan diakhiri dengan final di Stade de France di Saint-Denis pada 24 Mei 2000. Dua tim teratas dari masing-masing empat grup di babak grup kedua berkompetisi di babak sistem gugur. Untuk babak perempat final, setiap pemenang grup diundi secara acak melawan runner-up dari grup lain, dengan pemenang grup menjadi tuan rumah pada pertandingan kedua. Empat pemenang perempat final kemudian diundi untuk maju ke semifinal, pemenangnya akan melaju ke final.

Group	Pemenang	Runner-up
A	Barcelona	Porto
B	Manchester United	Valencia
C	Bayern Munich	Real Madrid
D	Lazio	Chelsea

Setiap perempat final dan semi final dimainkan dalam dua leg, dengan masing-masing tim memainkan satu leg di kandang; tim yang mencetak gol terbanyak dalam dua leg lolos ke babak berikutnya. Jika kedua tim mencetak jumlah gol yang sama dalam dua leg, tim yang mencetak lebih banyak gol di laga tandang lolos ke babak berikutnya; jika kedua tim mencetak jumlah gol tandang yang sama, pertandingan akan ditentukan ke gol emas di perpanjangan waktu dan kemudian adu penalti jika kedua tim tidak dapat dipisahkan setelah perpanjangan waktu.

	Perempat final						Semi final						Final
	Real Madrid	0	3	3
	Manchester United	0	2	2
							Real Madrid	2	1	3
							Bayern Munich	0	2	2
	Porto	1	1	2
	Bayern Munich	1	2	3
													Real Madrid	3
													Valencia	0
	Valencia	5	0	5
	Lazio	2	1	3
							Valencia	4	1	5
							Barcelona	1	2	3
	Chelsea	3	1	4
	Barcelona (p.w.)	1	5	6

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Real Madrid	3–2	Manchester United	0–0	3–2
Porto	2–3	Bayern Munich	1–1	1–2
Chelsea	4–6	Barcelona	3–1	1–5 (pw)
Valencia	5–3	Lazio	5–2	0–1

4 April 2000

19:45

Porto	1–1	Bayern Munich
Jardel 47'	Laporan	Paulo Sérgio 80'

Estádio das Antas, Porto

Penonton: 20,125

Wasit: Nikolai Levnikov (Rusia)

4 April 2000

20:45

Real Madrid	0–0	Manchester United
	Laporan

Santiago Bernabéu, Madrid

Penonton: 62,930

Wasit: Gilles Veissiere (Perancis)

5 April 2000

20:45

Valencia	5–2	Lazio
Angulo 2' Gerard 4', 40', 80' C. López 90+1'	Laporan	Inzaghi 28' Salas 87'

Mestalla, Valencia

Penonton: 41,800

Wasit: Kim Milton Nielsen (Denmark)

5 April 2000

19:45

Chelsea	3–1	Barcelona
Zola 30' Flo 34', 38'	Laporan	Figo 64'

Stamford Bridge, London

Penonton: 33,662

Wasit: Markus Merk (Jerman)

18 April 2000

20:45

Barcelona	5–1 (p.w.)	Chelsea
Rivaldo 24', 99' (pen.) Figo 45' D. García 83' Kluivert 104'	Laporan	Flo 60'

Camp Nou, Barcelona

Penonton: 96,249

Wasit: Anders Frisk (Swedia)

Barcelona menang agregat 6–4.

18 April 2000

20:45

Lazio	1–0	Valencia
Verón 62'	Laporan

Stadio Olimpico, Rome

Penonton: 53,135

Wasit: Dick Jol (Belanda)

Valencia menang agregat 5–3.

19 April 2000

19:45

Manchester United	2–3	Real Madrid
Beckham 64' Scholes 88' (pen.)	Laporan	Keane 21' (b.d.) Raúl 50', 52'

Old Trafford, Manchester

Penonton: 59,175

Wasit: Pierluigi Collina (Italia)

Real Madrid menang agregat 3-2.

19 April 2000

20:45

Bayern Munich	2–1	Porto
Paulo Sérgio 15' Linke 90+3'	Laporan	Jardel 90'

Olympiastadion, Munich

Penonton: 47,000

Wasit: Hugh Dallas (Skotlandia)

Bayern Munich menang agregat 3-2.

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Valencia	5–3	Barcelona	4–1	1–2
Real Madrid	3–2	Bayern Munich	2–0	1–2

2 Mei 2000

20:45

Valencia	4–1	Barcelona
Angulo 10', 43' Mendieta 47' (pen.) C. López 90+2'	Laporan	Pellegrino 27' (b.d.)

Mestalla, Valencia

Penonton: 46,210

Wasit: Urs Meier (Swiss)

3 Mei 2000

20:45

Real Madrid	2–0	Bayern Munich
Anelka 4' Jeremies 33' (b.d.)	Laporan

Santiago Bernabéu, Madrid

Penonton: 64,800

Wasit: Anders Frisk (Swedia)

9 Mei 2000

20:45

Bayern Munich	2–1	Real Madrid
Jancker 12' Élber 54'	Laporan	Anelka 31'

Olympiastadion, Munich

Penonton: 60,234

Wasit: Graham Poll (Inggris)

Real Madrid menang agregat 3-2.

10 Mei 2000

20:45

Barcelona	2–1	Valencia
F. de Boer 78' Cocu 90+2'	Laporan	Mendieta 69'

Camp Nou, Barcelona

Penonton: 85,377

Wasit: Vítor Melo Pereira (Portugal)

Valencia menang agregat 5–3.

24 Mei 2000

20.45 CEST

Real Madrid	3–0	Valencia
Morientes 39' McManaman 67' Raúl 75'	Laporan

Stade de France, Saint-Denis

Penonton: 80.000^[1]

Wasit: Stefano Braschi (Italia)^[2]

1. ^ "2. Finals" (PDF). UEFA Champions League Statistics Handbook 2016/17. Nyon: Union of European Football Associations. 2017. hlm. 1. Diakses tanggal 22 April 2017.
2. ^ J Smith (22 Mei 2000). "UEFA Champions League Final". Diarsipkan dari asli (UEFA Telefax) tanggal 12 Agustus 2014. Diakses tanggal 11 Agustus 2014 – via University of Rhode Island.