Babak grup Piala AFC 2013 dimainkan oleh 32 tim (16 dari Zona Asia Barat dan 16 dari Zona Asia Timur). Yakni:

• 31 tim yang masuk secara otomatis ke babak grup Piala AFC 2013
• 1 pemenang Babak kualifikasi Piala AFC 2013 (dari Zona Asia Barat)

Pengundian babak grup dilaksanakan di kantor AFC di Kuala Lumpur, Malaysia pada 6 Desember 2012, 15:00 UTC+8.^[1] 32 tim tersebut dibagi menjadi delapan kelompok, empat tim per kelompok. Klub dari negara yang sama tidak boleh berada di grup yang sama.

Setiap tim diukur berdasarkan poin (3 poin untuk kemenangan, 1 poin untuk seri, 0 poin untuk kekalahan) dan penentuan peringkat dihitung berdasarkan urutan berikut:^[2]

1. Jumlah poin yang lebih besar yang didapat pada pertandingan grup tim itu;
2. Perbedaan gol dari pertandingan kedua tim itu;
3. Jumlah gol yang lebih besar yang dicetak di pertandingan kedua tim itu; (gol tandang tidak berlaku)
4. Perbedaan gol yang lebih besar di semua pertandingan grup;
5. Jumlah gol yang lebih besar yang dicetak di semua pertandingan grup;
6. Jumlah adu penalti yang lebih besar, hanya jika dua tim yang terlibat dan sedang bermain;
7. Jumlah yang lebih kecil berdasarkan jumlah kartu kuning dan kartu merah yang didapat; (1 poin untuk kartu kuning, 3 poin untuk kartu merah hasil dari 2 kartu kuning, 3 poin untuk kartu merah langsung, 4 poin untuk kartu kuning yang diikuti kartu merah)
8. Pengundian.

Pertandingan berlangsung pada 5–6 Maret, 12–13 Maret, 2–3 April, 9–10 April, 23–24 April, dan 30 April–1 Mei 2013.^[3]

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		KUW	RIF	SFA	REG
1	Al-Kuwait	6	4	0	2	15	6	+9	12	Lolos ke babak gugur			2–3	3–1	5–0
2	Al-Riffa	6	3	1	2	9	6	+3	10[a]			0–2		2–0	1–1
3	Safa	6	3	1	2	7	8	−1	10[a]			1–0	1–0		1–1
4	Regar-TadAZ	6	0	2	4	5	16	−11	2			1–3	0–3	2–3

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		ERB	FAN	ANS	ATA
1	Erbil	6	6	0	0	17	0	+17	18	Lolos ke babak gugur			1–0	2–0	4–0
2	Fanja	6	3	1	2	9	6	+3	10			0–4		4–0	3–1
3	Al-Ansar	6	2	1	3	7	9	−2	7			0–2	0–0		5–1
4	Al-Ahli Taizz	6	0	0	6	2	20	−18	0			0–4	0–2	0–2

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		FAI	DUH	DHO	SIB
1	Al-Faisaly	6	4	1	1	9	5	+4	13	Lolos ke babak gugur			1–0	2–3	2–1
2	Dohuk	6	4	0	2	14	6	+8	12			0–1		6–1	2–1
3	Dhofar	6	3	1	2	8	12	−4	10			1–1	1–3		1–0
4	Al-Shaab Ibb	6	0	0	6	3	11	−8	0			0–2	1–3	0–1

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		QAD	SHO	RAM	RAV
1	Al-Qadsia	6	4	1	1	13	4	+9	13	Lolos ke babak gugur			0–1	2–2	3–0
2	Al-Shorta	6	4	0	2	8	5	+3	12			0–2		0–1	2–0
3	Al-Ramtha	6	3	1	2	10	7	+3	10			0–3	1–2		5–0
4	Ravshan Kulob	6	0	0	6	2	17	−15	0			1–3	1–3	0–1

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		SP	KIT	CHB	WAR
1	Semen Padang	6	5	1	0	15	6	+9	16	Lolos ke babak gugur			3–1	3–1	3–1
2	Kitchee	6	4	0	2	18	7	+11	12			1–2		3–0	5–0
3	Churchill Brothers	6	1	1	4	6	13	−7	4			2–2	0–4		3–0
4	Warriors	6	1	0	5	4	17	−13	3			0–2	2–4	1–0

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		NRA	YAN	SH	PSB
1	New Radiant	6	5	0	1	20	4	+16	15[a]	Lolos ke babak gugur			3–1	1–0	6–1
2	Yangon United	6	5	0	1	18	5	+13	15[a]			2–0		2–0	3–0
3	Sunray Cave JC Sun Hei	6	1	1	4	12	12	0	4			0–3	1–3		8–0
4	Persibo Bojonegoro	6	0	1	5	5	34	−29	1			0–7	1–7	3–3

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		KEL	DN	MAZ	AYE
1	Kelantan	6	4	1	1	14	9	+5	13	Lolos ke babak gugur			5–0	1–1	3–1
2	SHB Đà Nẵng	6	4	0	2	11	12	−1	12			0–1		3–1	2–1
3	Maziya	6	2	1	3	13	12	+1	7			6–1	2–3		3–1
4	Ayeyawady United	6	1	0	5	9	14	−5	3			1–3	2–3	3–0

---

---

---

---

---

Pos	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi		KEB	SEL	SG	TPR
1	East Bengal	6	4	2	0	13	6	+7	14	Lolos ke babak gugur			1–0	4–1	2–1
2	Selangor	6	2	2	2	12	11	+1	8[a]			2–2		3–1	3–3
3	Sài Gòn Xuân Thành	6	2	2	2	9	12	−3	8[a]			0–0	2–1		2–2
4	Tampines Rovers	6	0	2	4	12	17	−5	2			2–4	2–3	2–3

---

---

---

---

---

1. ^ ^{a b c d e f} Klub dari Yaman memainkan pertandingan kandang di luar negaranya atas alasan keamanan.
2. ^ ^{a b c} Klub dari Suriah memainkan pertandingan kandang di luar negaranya atas alasan keamanan.
3. ^ ^{a b c d} Pertandingan yang melibatkan tim dari Myanmar dan India—Kitchee melawan Chruchill Brothers (direncanakan pada 5 Maret), Yangon United melawan Persibo Bojonegoro (direncanakan pada 5 Maret), SHB Đà Nẵng melawan Ayeyawady United (direncanakan pada 5 Maret), East Bengal melawan Selangor (direncanakan pada 6 Maret)—dipindahkan ke akhir Februari 2013 karena partisipasi India dan Myanmar pada Kualifikasi Piala Challenge AFC 2014 yang berlangsung pada 2 hingga 6 Maret 2013.^[4]
4. ^ Pertandingan antara Sunray Cave JC Sun Hei melawan Persibo Bojonegoro dihentikan pada menit ke-65 saat Sunray Cave JC Sun Hei unggul 8–0 setelah berbagai cedera yang dialami pemain Persibo Bojonegoro dan meninggalkan hanya enam orang pemain di lapangan dan di bawah ambang batas.^[5] AFC memutuskan bahwa hasil tersebut dibiarkan apa adanya sebagai hasil final, merujuk kepada aturan kompetisi.^[6]